Në vitin 1932, Muharrem Bajraktari bëhet Adjutant i Oborrit Mbretëror, duke u bërë kështu një nga njerëzit më të afërt të Ahmet Zogut, Mbret i Shqiptarëve. Gjatë kësaj kohe Muharrem Bajraktari krijoi një armiqësi të fortë me tre persona shumë afër Zogut: [[Musa Juka]], ministër i brendshëm, Abdurrahman Krosi ose Lalë Krosi dhe Abdurrahman Dibra. Sipas Bajraktarit këta persona po ndikonin negativisht tek Zogu dhe megjithë përpjekjet e Muharremit për ta bindur Zogun që ti largonte këta tre persona, Zogu nuk pranoi dhe kështu Muharremi la detyrën dhe u largua drejt Jugosllavisë. Ai pati mbshtetjen e miqve e kolegeve te perhershem si Prenk Pervizi e Fiqri Dine qe edhe ata ishin larguar me te jashte shtetit. Por Zogu, qe e kishte kuptuar dallaveret e Lale Krosit me shoke i kethej perseri ne detyrat e tyre dhe ua rriti gradat.
== Revolta e zonës veriore e udhëhequr nga Muharrem Bajraktari ==
Pas prishjes me Zogun, Muharremi u largua në Jugosllavi. Më pas në janar të vitit 1935 ai rikthehet në vend dhe në bashkëpunim me [[Gjon Marka Gjoni]]n nxit një "revoltë" kundër qeverisë së Tiranës. Mbreti Zog u plagos nga një atentat me bombë dhe u largua drejt [[Durrësi]]t. Pallati mbretëror u dëmtua shumë. Pati shumë viktima nga përleshjet midis rebelëve dhe forcave qeveritare. Kryengritja që udhëhiqej nga Muharrem Bajraktari, filloi të përhapej në gjithë Shqipërinë e Veriut. Mbreti Zog urdhëroi mobilizimin e 4 batalioneve, garnizoni i Tiranës u zëvëndësua, u shpall gjendja e jashtëzakonshme në Shqipërinë e Veriut dhe të Mesme si dhe u mbyll kufiri me Jugosllavinë. Shumë fshatarë i ishin bashkuar kryengritjes. Gjithashtu forcat rebele ishin forcuar nga dezertimet e shumta të ushtarëve që kishin ngritur krye dhe kishin vrarë 5 oficerë. Muharrem Bajraktari ishte në krye të rebelimit. Ai kryesonte një forcë prej 2000 vetësh,të mirë armatosur dhe të furnizuar me ushqim të mjaftueshem. Vetë qëndronte në një kullë të vjetër. Rebelët kishin marrë në dorë gjithë Veriun. Ata kërkuan dorëheqjen e qeverisë dhe veçanërisht të ministrit të brendshëm Musa Jukës, por jo largimin e Mbretit. Disa media të huaja shkruanin se gjoja Shqipëria e Veriut “paska deklaruar pavarësinë nga qeveria e [[Tirana|Tiranës]]”! Lajmi ishte totalisht i pavërtetë dhe me qëllim dezinformues. Me 8 janar [[1935]],Muharremi u largua në [[Kosovë]]. Aty ai u çarmatos dhe u internua në Gjakovë nga qeveria e Jugosllavisë.
