Perandoria Bizantine: Dallime mes rishikimesh

Kërcënimi i dy luftërave të njëkohësishme rrezikonte planet e Justinianit. Gjatë viteve 550, ushtria e tij qe e aftë t’i bënte ballë kësaj sfide, por një fatkeqësi madhore e pengoi ta bënte këtë mes viteve 541 dhe 548. Fatkeqësia ishte murtaja bubonike e viteve 541-543, e para nga këto goditje, ose trauma të përmendura sipër që e transformuan Romën lindore në Perandorinë bizantine mesjetare. Murtaja u vu re për herë të parë në Egjipt dhe nga atje kaloi në Siri dhe Azi të Vogël deri në Konstandinopojë. Në 543 ajo arriti Italinë dhe Afrikën dhe mund të ketë goditur edhe ushtrinë perse në fushatë atë vit. Në Azinë lindore kjo sëmundje ka vazhduar deri në shekullin e 20-të, duke i dhënë mundësi shkencës mjekësore ta studiojë me imtësi. I transmetuar te njerëzit nga pleshtat e infektuar prej brejtësve, murtaja sulmon gjendrat e trupit dhe shfaqet fillimisht me fryrje (buboes) në sqetulla dhe ijë, nga vjen dhe emri bubonike. Po ta gjykosh nga përshkrimi i simptomave nga [[Prokopi]] në 542, sëmundja atëherë dukej më shumë si një formë virale pneumonike, ku bacilet vendosen në mushkëritë e viktimave. Shfaqja e formës pneumonike ishte shumë e rrezikshme sepse mund të transmetohej drejtpërdrejt nga një person te tjetri, duke shpërndarë infeksionin me lehtësi dhe me shkallë vdekshmërie tmerrësish të lartë. Studimet krahasuese, të bazuara në statistika nga përphapja e së njëjtës sëmundje në Europën e mesjetës së vonë, sugjerojnë se një e treta deri një e dyta e popullsisë së Konstandinopojës mund të ketë vdekur, ndërkohë që qytetet më të vogla të perandorisë dhe fshatrat nuk qenë në asnjë mënyrë më pak të rrezikuara.<ref>{{harvnb|Laiou|Morisson|2007|pp=3, 45, 49–50, 231}}; {{harvnb|Magdalino|2002|p=532}}.</ref>

ImpaktiNdikimi afat-shkurtër i murtajës mund të vërehet në disa forma të aktiviteteve njerëzore gjatë viteve 540. Legjislacioni i Justinianit i atyre viteve ishte padyshim i preokupuar me amanetet dhe pasardhjen e pasurive që linin njerëzit pa testamente. Krahu i punës qe shumë i pakët dhe punëtorët kërkonin rroga aq të larta, saqë Justiniani u përpoq t’i kontrollojë me edikt siç monarkët e Francës dhe Anglisë bënë gjatë murtajës së shekullit të 14-të. Sa për çështjet ushtarake, ato vite ishin vite humbjesh, ngecjejeqëndrimi në vend dhe mundësish të humburapashfrytëzuara. Në vend të një opozite efektive romake, ishte lodhja e Kosraut nga një luftë pa fitim që e bëri atë të nënshkruajë një traktat paqeje ku pranonte haraç nga Justiani dhe ruante pushtimet perse në Lazika. Hunët, sllavët, antët dhe bullgarët plaçkitën dhe shkatërruan Ilirinë pa opozitënkundërshtimin më të vogël nga ushtritë romake. Në Afrikë, një garrizon i zvogëluar nga murtaja përballi me vështirësi kërcënimin e një pushtimi maur. Në Itali, Totila filloi sulmin, duke marrë Italinë jugore dhe [[Napoli]]n dhe shkoi edhe në Romë (546) megjithë përpjekjet e Belisarit për të çliruar rrethimin. Dëshpërmisht, gjenerali i madh i Justinianit kërkoi përforcime nga Lindja; edhe pse erdhën, ato erdhën shumë vonë dhe ishin nga ana numerike aspak të mjaftueshëm për tu përballur me detyrën që u ishte vënë.<ref name="B236-258">{{harvnb|Bury|1923|loc=[http://penelope.uchicago.edu/Thayer/E/Roman/Texts/secondary/BURLAT/19B*.html pp. 236–258]}}; {{harvnb|Evans|2005|p=xxvi}}.</ref>