Në Qershor 2013, Morina u transferua te kampionët e shqipërisë [[KF Skënderbeu|Skënderbeu]] <ref>{{cite web news|first=Llazi |last=Saro |url=http://time.ikub.al/e9f05a692a/08fe8733d1faa4824228ae063777ae20/Lajm_Morina-prezantohet-te-Skenderbeu-Ademir-Soza-rinovon-iken-Radas-ose-Gvozdenovic.aspx |title=Morina prezantohet te Skënderbeu. Ademir Soza rinovon, ikën Radas ose Gvozdenoviç |language=Shqip |publisherwork=time.al |accessdate=8 Prill 2014 |date=11 Qershor 2013}}</ref>. Ai shkoi në [[Korça|Korçë]] si transferim i lirë. Morina zgjodhi fanellën me numrin 9. Ai u bashkua me klubin më 10 Qershor. Kjo gjë solli një konflikt midis Tiranës dhe Skënderbeut <ref>{{cite web news|url=http://time.ikub.al/e9f05a692a/07da9325599a15f6a175b841c63824b6/Lajm_Morina-perplas-Tiranen-me-Skenderbeun.aspx |title=Morina përplas Tiranën me Skënderbeun |language=Shqip |publisherwork=time.al |accessdate=8 Prill 2014 |date=11 Qershor 2013}}</ref>. Klubi kryeqytetas pretendoi se Morina kishte një kontratë me ta deri në 2014 dhe se ishte bashkuar klubit pa djeninë e tyre. Morina bëri debutimin e tij më 23 Korrik 2013 në ndeshjen e kthimit të raundit të dytë të [[2013–14 UEFA Champions League|Champions Leagues]] kundër [[Neftchi Baku PFK|Neftchi Baku]], ai hyri në fushë në minutën e 77 në vend të [[Gilman Lika|Gilman Likës]], Skënderbeu fitoi me rezultatin 1–0 pas kohë shtesë duke siguruar një kualifikim historik për në raundin e tretë të Champions Leagues <ref>{{cite web news|url=http://grid.al/read/news/156500763/4001430/skenderbeu-ben-historine-kualifikohet-ne-rrethin-e-trete-te-championsit |title=Skënderbeu bën historinë, kualifikohet në rrethin e tretë të Championsit (video) |language=Shqip |publisherwork=grid.al |accessdate=8 Prill 2014 |date=23 Korrik 2013}}</ref><ref>{{cite web |url=http://shqipmedia.com/portal/historike-skenderbeu-kualifikohet-ne-rrethin-e-trete-te-champions-it/ |title=Historike, Skënderbeu kualifikohet në rrethin e tretë të ”Champions”-it |language=Shqip |publisher=shqipmedia.al |accessdate=8 Prill 2014 |date=23 Korrik 2013}}</ref>. Më 18 Gusht 2013, Morina fitoi [[Superkupa e Shqipërisë|Superkupën e Shqipërisë]] për herë të tretë rradhazi pasi Skënderbeu mposhti [[KF Laçi|Laçin]] në gjuajtjet e penalltive me rezultatin 3–4 pasi koha e rregullt dhe shtesa kishin përfunduar 1–1 <ref>{{cite web news|url=http://ekspres.al/index.php?option=com_content&view=article&id=9007:skenderbeu-fiton-superkupen-e-shqiperise&catid=112:lajme-kryes |title= Skënderbeu fiton Superkupën e Shqipërisë |language=Shqip |publisherwork=ekspres.al |accessdate=8 Prill 2014 |date=18 Gusht 2013}}</ref>. Morina e nisi ndeshjen si titullar dhe u zëvëndësua në minutën e 72 në vend të [[Andi Ribaj]], kjo ishte hera e parë që Skënderbeu fitoi Superkupën e Shqipërisë pasi kishte humbur 2 finalet e shkuara kundër Tiranës <ref>{{cite web news|url=http://grid.al/read/news/156615250/4370856/skenderbeu-fiton-per-here-te-pare-superkupen-e-shqiperise |title= Skënderbeu fiton për herë të parë Superkupën e Shqipërisë |language=Shqip |publisherwork=grid.al |accessdate=8 Prill 2014 |date=18 Gusht 2013}}</ref>.
Morina shënoi Golin e parë me klubin më 19 Tetor në barazimin 1–1 kundër rivalëve për titull të [[KS Teuta|Teutës]], ai e shënoi Golin në minutën e 61, vetëm disa minuta pasi kishte hyrë në fushë, ky barazim i lejoi Skënderbeut që të mbajë vendin e parë sëbashku me Tetuën në ligë pas javës së tetë <ref>{{cite web |url=http://www.ama-news.al/2013/10/barazim-ne-skenderbeu-teuta-si-vlen-askujt/ |title= Barazim në Skenderbeu-Teuta, s’i vlen askujt |language=Shqip |publisher=ama-news.al |accessdate=8 Prill 2014 |date=19 Tetor 2013}}</ref>. Ai shënoi sërisht më 27 Tetor në fitoren minimale 1–0 kundër [[KS Kastrioti|Kastriotit]]. Morina vazhdoi formën e tij të mirë duke shënuar në 2 ndeshjet kundër [[KS Mamurrasi|Mamurrasit]] në fitoret 1–4 dhe 2–0 respektivisht në datat 4 dhe 18 Dhjetor. Këto do të ishin edhe Golat e tij të fundit me fanellën e Skënderbeut pasi në merkaton dimërore ai u largua.
