Më 1870 u emërua rektori i parë i të porsathemeluarit Universitet të Stambollit ku dha leksione fizike, astronomie dhe psikologjie. Qeveria e emëroi atybotëkuptimin islam.<ref name="İhsanoğlu2004">{{cite book|url=https://books.google.com/books?id=k41QAAAAMAAJ&q=Hodja+Tahsin&dq=Hodja+Tahsin&hl=en&ei=h7KgTc31AoWXOuyrqTU&sa=X&oi=book_result&ct=result&resnum=1&ved=0CCwQ6AEwAA|title=Science, technology, and learning in the Ottoman Empire: Western influence, local institutions, and the transfer of knowledge|last=İhsanoğlu|first=Ekmeleddin|date=April 2004|publisher=Ashgate/Variorum|accessdate=9 April 2011|isbn=978-0-86078-924-6|page=44}}</ref> Por në atë kohë, kërkimi shkencor, qëndrimet liberale dhe marrëdhëniet e pandehura të Tahsinit me masonerinë provokuan sulme të rretheve konservatore të ulemave ndaj tij. Sulmet kundër Tahsinit nisën kur ai filloi të bënte eksperimente për t'u ilustruar nxënësve nocionin e vakumit. Gjë për të cilën u shpall heretik me një fetva, i pushuar nga universiteti dhe iu pamundësua që të jipte mësim. Universiteti mbylli për një periudhë sepse Xhemal al-Din Afgani, një tjetër profesor, mbështeste idetë e Tahsinit.<ref name="mardin">{{cite book|url=https://books.google.com/books?id=CTq6amfFkosC&pg=PA222|title=The genesis of young Ottoman thought: a study in the modernization of Turkish political ideas|last=Mardin|first=Şerif|publisher=Syracuse University Press|year=2000|isbn=0-8156-2861-7|page=223}}</ref>
Pas largimit nga puna, për shkak të titullit shkencor që kishte, shteti i caktoi një pension. Më vonë u vendos në një medrese të vogël të braktisur përballë Portës së Lartë dhe e përdori si vend banimi dhe mësimi, duke zhvilluar kurse private. Ndërkaq, vazhdoi të thellohej në studimin dhe leximin e veprave dhe të librave shkencorë të shumtë që kish mbledhur. Nuk u martua dhe nuk u mor në jetë me tjetër gjë përveç shkencës.<ref name=":0" />
