Mike Portnoy ka lindur dhe është rritur në [[Long Beach]], [[New York]], në [[Long Island]]. Babai i tij punoi si [[DJ]] në një radio-stacion lokal, duke e ndihmuar kështu të birin e tij që të dijëdi ta vlerësojë muzikën në moshë të re nëpërmes bendeve si [[Queen]], [[Led Zeppelin]], [[The Who]], [[Yes]], dhe [[The Beatles]]. Edhe pse Portnoy u mësua vetë tu binte baterive, ai mori dituri teorike në shkollë të mesme, dhe gjatë asaj periudhe filloi t'u binte baterive për bendet lokale si Intruder, Rising Power dhe Inner Sanctum, me të cilët më vonë e lëshoi një album. Ai e la Inner Sanctum kur fitoi bursën për të hyrë në [[Berklee College of Music]] në [[Boston]], ku njoftoi [[John Petrucci]]-n dhe [[John Myung]]-un, dhe me të cilët formoi bendit Majesty, i cili më vonë do të bëhet [[Dream Theater]].
