E para kishë ortodokseShkodër, deri në fundin e shekullit XVIII ka qenë përtej Bunës, në lagjen e vjetër Kasena, vend ku u patën gjetur rrënojat e kishës së Shën Kollit, ndërtuar nga Helena e Serbisë. Përgjithësisht, objektet e kultit në Shkodër janë ndërtuar falë ndihmave financiare të vetë besimtarëve.

Kisha ortodokse e Kisha e Fretënvet në sfond, në qendër të Shkodrës

Këtu, një përjashtim të vogël bëjnë vetëm xhamitë, të cilat, në më të shumtën e herëve janë ngritur nga prijës familjesh të kamura, që me këtë rast, pagëzonin me emrat e tyre shtëpinë e zotit. Ortodoksët e Shkodrës, - edhe sot të pakët në numër - afro 200 vjet më parë, pasi kishin mbledhur një sasi mjetesh financiare për ndërtimin e kishës së tyre, iu drejtuan konsulit rus në Shkodër, që ky i fundit të ndërhynte pranë Carit për t'i ndihmuar me fonde, ngase ato çka ishin mbledhur gjatë katër viteve të fushatës, ishin të amjaftueshme. Aleksander Nevski, cari i atëhershëm i Rusisë (më vonë shenjt dhe Hero Kombëtar i gjigandit evroaziatik), dërgoi menjëherë shumën e nevojshme.

Ortodoksët serbë e malazez gjithnjë kishin synim që të përçanin shqiptarët në baza fetare . Ata nuk e pranaonin autoqefalinë e kishes ortodokse shqiptare duke propaganduar që shqiptarët ortodoksë i takonin kishes bizantine me rus e me serb e me malazez bashkë ... Po ortodoksët shqiptarë i vranë shumë serbë e malazezë e i përzunë të gjithë nga Shkodra, me përjashtim të ndonjë murgu eremit a të ndonjë murgeshe që i zunë e i shkërdhyen mbarë e prapë duke ju futur edhe objekte të ndryshme në organet gjenitale .Murgeshat serbe e malazeze nuk mbanin kurrëfarë pastërtie dhe fare nuk e rruanin .Kështu shqiptarët ortodoksë u neveritën prej tyre e nuk donin ti shihnin me sy . Disa i vranë e i përzunë dhunshëm që andej .

Ortodoksët, pasi siguruan edhe dekretin nga Sulltan Mexhidi, nisën punën për ndërtimin e Kishës, në muret e së cilës, përfunduar katër vjet më vonë, ishte dhe një ikonë me pamjen e carit zemërgjerë rus, një vepër e sjellë nga Rusia, e që sot nuk është më.

Një ngatërresë e madhe ndodhi në Shkodër mes besimtarëve ortodoksë për shkak të emërimit të një pop Jeftos, gjykuar prej shumicës si njeri i papërshtatshëm. Ky konflikt arriti kulmin me rrahjen që i bënë disa individë (përfshi këtu dhe të atin e Migjenit) priftit ortodoks të mbrojtur nga Aleks Popoviq. Pikërisht ditën e parë që Jefto do të dilte në kishë, kundërshtar të emërimit të tij, të nxitur nga Filip Beroviq e rrahën për vdekje priftin gjë që çoi në ashpërsimin e konfliktit. Më pas u kërkua që Jefto të shkollohej, gjë që u realizua me dërgimin e tij në Prizren.

"Pop Jefto vajti atje dhe, mbasi kreu mësimet fetare, ktheu në Shkodër bashkë me vlladikën e atij vendi. Meqënëse të rrahunit e pop Jeftos tri vjet ma parë nuk ishte qitë në harresë nga përkrahësit e tij, këta për me u ahmarrë kundër Beroviqve i sugjeruen vlladikës që në predikimin e parë vlladika t'i mallkonte a ma mirë t'i eskomunikonte vëllezën Beroviqët. Vlladika paska dhanë fjalën e vet për atë mallkim. Filik Beroviqi lajmëronte për mallimin që do t'i bante vlladika në kishën. Thërret përsëri nipin e tij, Nikollë dhe e armatos me dy revole, e gjithashtu edhe babën e Migjenit. Të dy këta sëbashku shkojnë në kishë, të përgatitun për një atentat : në rast se vlladika merrte guzim me i mallkue Beroviqët, aty për aty do ta vrisnin. Ky, i paralajmëruem se çka do të ndodhte, nuk e çeku aspak këtë çështje. Me atë ditë kundërshtimet u mbyllen dhe kisha vazhdoi me qenë e hapun me pop Jefton e brez pas brezi."

Kisha ortodokse u shkatërrua, në pikun e fushatës ateiste, më 10 qershor të vitit 1967. Për afro 30 vjet, besimtarët ortodoksë, si gjithë besimtarët e feve të tjera, nuk patën të drejtën dhe as vendin të ushtronin besimin e tyre. Më 1990 - '91 -in, me mundësitë që ofroi demokracia, edhe për besimtarët katolikë u bë realitet liria e besimit. Më pas, ata ndërtuan një kishë të vogël prapa ndërtesës së bankës, kishë që nuk e pati jetën të gjatë, pasi u dogj, për shkaqe ende jo krejt të qarta.

Kohët e fundit, Kisha Ortodokse është ngritur aty ku dhe ka qenë para fillimit të këtij shekulli, matanë Bunës, mbi rrënojat e Shën Kollit.

Sot, gjendet një kishë tjetër ortodokse në qendër të qytetit.