Baftjar Zeqaj ka kryer studimet universitare pranë Universitetit të Tiranës, Fakulteti i Gjeologjisë dhe Minierave, dega Gjeologji Nafte. Ka kryer edhe mayorstudimet pasuniversitare (master) për Shkenca Administrative. Gjithashtu ka kryer kualifikime pasuniversitare në fushën e gjeologjisë, sedimentologjisë, qeverisjes vendore etj. Pas përfundimit të universitetit, ai ka punuar si inxhinier gjeolog në Institutin e Studimeve dhe Projektimeve për Naftë dhe Gaz Fier. Pas ndryshimeve të sistemit politik në Shqipëri, ai filloi shërbimin publik ku ka shërbyer si Kryetar i Bashkisë Patos, Kryetar i Partisë Socialiste Fier dhe si Prefekt i Qarkut Fier. Në vitin 2003 ai u zgjodh Kryetar i Bashkisë Fier, detyrë në të cilën u rizgjodh përsëri në vitin 2007 dhe 2011.