Windows i radhit aplikacionet dhe skedat në hard disk nëpër clustra (grupe apo bashkesi). Pas shumë instalimeve dhe çinstalimeve të programeve dhe fshirjes së skedave "clusters" ndodhen të ndara. Më saktësish pas çinstalimit të një programi do të formohet një vend i lirë apo një vrimë në hard disk dhe kur e instalojmë një program tjetër që është më i madh, ai do të shkoj në vendin e zbrazur të diskut d.m.th do të shpërndahet nëpër pjesët e lira. Kjo quhet Fragmentim dhe shpije deri te ngadalësimi i kompjuterit sepse Windows i duhet të kërcej nga një cluster në tjetrin, në vend që të rrëshqas nga nga një cluster në atë fqinje. Pra defragmentimi është ai që i vendos clustrat në vendin e duhur.