Ilirjan Mustafaraj u lind në 9 shkurt 1951, në Gjirokastër. Është diplomuar në degën Inxhinieri Mekanike, në Fakultetin e Inxhinierisë në vitin 1973.

Në vitin 1977, ai kreu një kurs 1 vjeçar për “Shërbim Informacioni” pranë Ministrisë së Punëve të Brendshme.

Në periudhën 1981 – 1984, përfundoi shkollën e Lartë (pa shkëputje nga puna) pranë Ministrisë së Punëve të Brendshme.

Z. Mustarafaj ka kryer gjithashtu një kurs 2 vjeçar për Drejtues i Lartë Administrativ, si edhe disa trajnime në fushën e policimit në Norvegji, Danimarkë e SHBA.

Ka drejtuar nga shkurti deri në nëntor, degën e Qarkullimit Rrugor në MPB, në vitin 1984. Ndërsa nga 1984 deri në 1990, mbajti postin e zv/ministrit të Punëve të Brendshme, për Policinë.

Për 2 vite me rradhë ishte Kryeinspktor në Drejtorinë e Trajtimit të Mallrave, pranë Ministrisë së Transporteve.

Në maj 1992, del në asistencë dhe për një periudhë 5 vjeçare ishte Këshilltar pranë një Policie private dhe drejtor i një Autoshkolle private.

Nga shtatori 1997 deri në dhjetor 1998, mban postin e Shefit të Sektorit të Policisë Rrugore. E më pas deri në vitin 2000, emërohet shef i Sektorit Ekonomik në Ministrinë e Rendit Publik.

Nga janari deri në maj 2001, z. Mustafaraj ishte drejtor i Kontrollit Ekonomik Financiar.

Në maj 2001 deri në janar 2003, ishte Drejtor i Antiterrorit në Shërbimin Informativ Shtetëor

Më pas, ai ishte Këshilltar i Ministrit të Rendit Publik, deri në tetor 2003.

Në vitin 2004, ishte Këshilltar i Jashtëm i kompanisë INTERSIG.

Nga 2010 deri në tetor 2013, ishte këshilltar i Ministrit të Brendshëm.

Që nga 5 tetori 2013, është emëruar zëvendesministër i Punëve të Brendshme.

Z. Mustafaraj është hartues dhe zbatues i disa projekteve për plotësimin e kërkesave strukturave të Ministrisë së Rendit Publik me mjete, paisje speciale etj.