Në afërsi të Nishit u zhvillua një betejë e ashpër (24 shtator 1689), e cila përfundoi me fitoren e austriakëve. Osmanët lanë në fushën e betejës 10 000 të vrarë. Pas kësaj fitoreje ushtria austriake u nda në dy pjesë: e para e komanduar prej kontit të Badenit u nis drejt Vidinit (Bullgari), kurse e dyta me gjeneral Pikolominin në krye u nis për në Kosovë, ku u prit nga shqiptarët. Shqiptarët ishin gati të pranonin mbrojtjen e perandorit austriak. Të njëjtin veprim bënë edhe shqiptarët e Kelmendit. Kur Pikolomini hyri në Prishtinë, shqiptarët e Kosovës deklaruan se ishin me perandorin. 6 000 shqiptarë ortodoksë (Albanensen) u bashkuan me austriakët. Pikolomini të njëjtën situatë ndeshi edhe në Prizren. Banorët e qytetit i dolën përpara dhe e pritën me nderime. Rreth 5 000 shqiptarë me kryepeshkopin e tyre, Pjetër Bogdanin, e përshëndetën me breshëri të shtënash. Gjenerali kërkoi nga shqiptarët, që hynin në ushtrinë austriake, t’u bindeshin oficerëve austriakë dhe të mbanin armët, ndërsa të tjerët duhej të ktheheshin në shtëpitë e tyre. Burimet austriake, angleze e papale pohojnë se pranë Pikolominit ishin mbi 20 000 shqiptarë. Sipas një përllogaritjeje 5 000 veta ishin nga Prishtina, 3 000 veta nga Peja, 6 000 nga Klina dhe Drenica, 6 000-8 000 veta nga Prizreni. Shqiptarë të tjerë të palidhur me ushtrinë austriake vazhdonin kryengritjen. Kur forcat austriake hynë në Prizren, 3 000 kryengritës shqiptarë morën Pejën. Sapo gjenerali Pikolomini kaloi në Shkup (25 tetor 1689), shqiptarët shprehën gatishmërinë për të hyrë nën mbrojtjen e austriakëve. Një grup kryengritës u nis drejt Tetovës për të pastruar krahinën nga forcat osmane, që ndeshën në rezistencë në Kaçanik. Ndërkohë forca tatare nga Krimea hynë në Prishtinë, por u thyen nga shqiptarët e Prishtinës. Sipas burimeve osmane me austriakët ishin bashkuar: Peja, Prizreni, Tetova, Shtipi, Prishtina, Vuçiterna, Kosova (Belasica), Jenipazari (Pazari i Ri), Mitrovica, Shkupi, Çiçaku, Plevla, Jagodina, Kumanova etj. Pas vdekjes së gjeneral Pikolominit (nëntor 1689) qëndrimi i shqiptarëve ndryshoi për disa arsye. Në radhë të parë ndikoi këtu qëndrimi i pasardhësve të Pikolominit dhe të oficerëve të tjerë austriakë. Ata filluan t’i trajtojnë keq shqiptarët. Në një ditar anonim thuhej: “Pikolomini në çastet e vdekjes i dorëzoi komandën dukës së Holshtajnit. Pas kësaj punët morën një pamje krejt tjetër, sepse timonieri kishte mbaruar dhe anija do të lundronte në det sipas dëshirave të erërave, siç duket drejt mbytjes”. Duka i Holshtajnit në fillim i pa shqiptarët me mospërfillje e me xhelozi dhe pastaj u soll ashpër me ta. Në Prizren u përpoq të çarmatoste shqiptarët, kurse në Lumë urdhëroi djegien e disa fshatrave. Jo vetëm Duka, por edhe komandantë të tjerë vepruan keq me shqiptarët. Kur këta të fundit zemëroheshin për padrejtësitë e oficerëve austriakë dhe kërkonin drejtësi, keqtrajtoheshin me përbuzje e me fyerje të padurueshme nga komanda ushtarake. Së dyti, komanda austriake nuk i mbajti premtimet që u kishte bërë shqiptarëve. Në fillim ajo premtoi t’u lehtësonte barrën e detyrimeve, por ky premtim mbeti në letër. Së treti, negativisht ndikoi edhe vdekja e arkipeshkvit të Shqipërisë, Pjetër Bogdanit, i cili ishte përpjekur disa herë për të zbutur pakënaqësinë e bashkatdhetarëve të vet. Kontributi i P. Bogdanit jepet kështu në ditarin anonim: “Në mënyrë që çështjet tona të mund të pësonin një goditje të rëndë, deshi perëndia që të vdiste arqipeshkvi i Arbërisë”. Megjithatë, mjaft shqiptarë vazhduan t’i mbeten besnikë qeverisë austriake dhe morën pjesë në disa beteja. Shtrirja e kryengritjes shqetësoi Portën e Lartë, e cila më 1 dhjetor 1689 njoftonte: “në rast se do të vazhdojë kjo kryengritje e arbërve, i gjithë vendi do të rrënohej deri në Durrës dhe ndoshta edhe Greqia do të pësojë shumë dëme, sepse kudo shtetasit po çohen në kryengritje”. Një vatër tjetër kryengritëse ishte Luma. Mjaft banorë të kësaj krahine ishin bashkuar me austriakët duke dhënë një tribut si dëshmi të besnikërisë. Por, përballë forcave të shumta të komanduara nga Mahmut Pasha, lumianët ulën armët dhe pranuan amnistinë e qeveritarit osman. Zjarri i kryengritjes ishte shtrirë edhe në Rozhajë, ku shqiptarët e kësaj krahine u bashkuan me austriakët. Kundër tyre erdhi beu (administratori) i Filipopolit në krye të forcave të shumta ushtarake. Pas një bombardimi të rreptë kryengritësit e Rozhajës pranuan kërkesën e faljes që u parashtroi beu osman. Gjendja e ushtrisë austriake dhe e kryengritësve shqiptarë u keqësua me emërimin e Vezirit të Madh, shqiptarit Mustafa pashë Kypryliut, si kryekomandant i ushtrisë. Ushtria osmane përbëhej nga forca të hanit të Krimesë, të bejlerbeut të Rumelisë dhe të sanxhakbejlerëve të tokave shqiptare. Në fillim forcat osmane iu drejtuan Karposhit, që vepronte si kryengritës, të cilin e kapën, e ngulën në hu dhe e hodhën në Vardar. Forcat austriake dhe kryengritësit shqiptarë u tërhoqën në Kaçanik. Duka i Holshtajnit u detyrua të organizonte një këshill ushtarak, i cili vendosi t’u bëjë thirrje shqiptarëve që kishin qenë pranë Pikolominit, por ishte tepër vonë. Megjithatë, shqiptarët, besnikë të austriakëve, morën pjesë në luftën me tartarët e hanit të Krimesë. Në fillim ra Prishtina, më vonë Prizreni, Peja. Shkalla e rrezikshmërisë së kryengritjes së shqiptarëve u duk edhe në dhunën e ashpër osmane. Pas betejës së Kosovës osmanët kryen mizori të papara, duke “djegur fshatra të panumërta, duke shkretuar vendin, duke vrarë barbarisht ata banorë të shkretë, sepse vetëm i kishin shfaqur bindje dhe i kishin dhënë ndihmë ushtrisë gjermane”. Duke parë potencialin ushtarak të shqiptarëve dhe gatishmërinë e tyre, Tome (Thoma) Raspasari, vikar françeskan për Shqipërinë, e këshilloi perandorin austriak të shpërndante diploma perandorake, drejtuar popujve të Ballkanit ku t’u premtohej njohja e të gjitha privilegjeve, njohja e krerëve të tyre, zgjedhja e lirë e vojvodëve (komandantëve ushtarakë), ushtrimi i lirë i fesë, përjashtimi nga detyrimet dhe nga pagesat në të holla. Me këto kushte shqiptarët do të ngriheshin me armë në dorë përkrah austriakëve. Perandori austriak Leopold I në bazë të këtij propozimi, duke pasur parasysh edhe ndihmesën e mëparshme të shqiptarëve, më 6 prill 1690 lëshoi një thirrje drejtuar popujve të Ballkanit, në të cilën në krye radhiteshin shqiptarët dhe u kërkonte që të rroknin armët kundër osmanëve. Si shpërblim u premtonte pak a shumë propozimet e Tomë Raspasarit, një qeverisje lokale autonome nëpërmjet vojvodëve të zgjedhur. Shqiptarët shprehën menjëherë dëshirën për të bashkëpunuar me austriakët. Sipas një letre nga Nishi të 22 prillit 1690 “arbrit i kanë çuar fjalë gjeneral Veteranit se përherë janë perandorakë të mirë, se nuk presin veçse ardhjen e ushtrisë sonë për t’u bashkuar kundër turqve e tartarve”. Megjithëkëtë gatishmëri, një kryengritje e dytë e shqiptarëve nuk u organizua. Me sa duket qeveria austriake nuk dëshironte ta vazhdonte luftën, prandaj ajo nuk pranoi as propozimin e Veteranit që ta mbështeste me mjete financiare për të krijuar një ushtri me shqiptarë. Në këto kushte Veterani u largua nga Nishi, ndërsa shqiptarët mbeten vetëm përballë ushtrisë osmane: “Mahmut Pasha, siç thuhej në dokumentet e kohës, ndërmori një fushatë ndëshkimore kundër Surroit, Gashit e Krasniqes, vende që në mënyrë të patundur kanë mbajtur besën ndaj madhërisë perandorake, duke mos pranuar kurrë miqësinë turke, ndonëse shumë herë janë joshur me premtime e kërcënime prej atij (pashës)”. Me ushtrinë austriake u larguan nga Serbia e Kosova shumë kryengritës, besnikë të Austrisë. Mbi këtë fakt u ngrit teza e historiografisë serbe mbi të ashtuquajturën “shpërngulje të madhe të serbëve nga Kosova dhe mbi popullimin e saj nga shqiptarët”. Është e vërtetë se midis atyre që u tërhoqën së bashku me ushtrinë austriake ishte patriarku i Pejës, Arsen III Cërnojeviçi, së bashku me disa murgjër që nëpërmjet Jenipazarit e Studenicës u vendos në Panoni. Por serbët që u larguan me të nuk ishin aq të shumtë në numër sa të bëhet fjalë për një shpërngulje të madhe të tyre nga Kosova në ato vite. E ashtuquajtura “shpërngulje e madhe e serbëve nga Kosova” është një sajesë e historiografisë serbe, e bërë me qëllime të caktuara politike. Të mbështetur në të dhënat e kishës serbe, mjaft historianë serbë duke synuar t`i japin “një mbështetje” historike e shkencore politikës grabitqare të Serbisë ndaj tokave shqiptare të Kosovës, janë orvatur të provojnë se Kosova kishte qenë në mesjetë qendër e shtetit serb dhe trevë e banuar nga serbët deri në fund të shek. XVII - fillimi i shek. XVIII. Pas luftërave austro-osmane të viteve 1683-1699, pohojnë këta autorë, një pjesë e popullsisë serbe që mori anën e Austrisë, qenkërka tërhequr për në veri dhe vendin e tyre e paskan zënë shqiptarët e ardhur nga vise të brendshme të Shqipërisë së Veriut. Historianë të tjerë, duke rënë viktimë e njëanshmërisë së burimeve dokumentare serbe, janë bashkuar me autorët serbë. Kështu është krijuar një letërsi e tërë historike që nuk i përgjigjet të vërtetës shkencore. Megjithatë, ka edhe mjaft studiues që e kundërshtojnë këtë mendim që mbizotëron në historiografinë serbe. Në disa vepra të historiografisë austriake dhe italiane, të mbështetura në burime të besueshme, pranohet se territoret e Kosovës ishin të banuara nga popullsi shqiptare dhe përfshiheshin brenda kufijve të Shqipërisë si nocion etnik. Dokumentet e komandës së lartë ushtarake tregojnë se nga forcat që u vunë përkrah forcave austriake, dy grupe ishin më kryesorët: shqiptarët dhe “serbët”. Nga një përllogaritje e përafërt del se numri i shqiptarëve ishte dy herë më i madh se ai i “serbëve”. Përveç dokumenteve të komandës ushtarake, edhe dokumentet angleze e papale dëshmojnë se shumë shqiptarë qëndruan deri në fund me austriakët. Edhe ndër të shpërngulurit që nuk i kalonin të 10 000 vetat shqiptarët ishin më të shumtë. Sipas një interpretimi që meriton të përmendet, edhe termi “serb”, i cili përdorej në dokumente, nënkuptonte shqiptarët ortodoksë që bënin pjesë në juridiksionin e kishës së Pejës. Në këtë rast duhet pranuar se kryengritësit e Kosovës, që u bashkuan me austriakët, ishin thuajse të gjithë shqiptarë. Ndërsa në krahinën e Kosovës kryengritja u shtyp në verën e vitit 1690, ajo vazhdoi në Shqipërinë Jugore, në krahinat e sanxhakëve të Delvinës e në krahinën e Himarës. Në bashkëpunim me forcat detare venedikase që zbarkuan në Ujin e Ftohtë pranë Vlorës, kryengritësit sulmuan kështjellat e Kaninës dhe të Vlorës dhe i dëbuan garnizonet e tyre.