Atomi i Hidrogjenit në shtresën e vet elektronike ka vetëm një elektron, dhe logjikisht duhet pritur që ai mund të lidhet edhe me një atom tjetër të ngjashëm përmes lidhjes kovalente. Mirëpo, ka raste kur atomi i Hidrogjenit krijon lidhje me më shumë se një atom. Zakonisht, nën kushte të caktuara një atom i Hidrogjenit lidhet më dy atome të tjera me forca përafërsisht të mëdha. Lidhja e tillë njihet si lidhje e Hidrogjenit ose si lidhje urë e Hidrogjenit me energji të lidhjes rreth 0,1 eV. Supozohet se në të shumtën e rasteve ky tip i lidhjes është i karakterit jonik si dhe formohet me atome të cilat kanë elektronegativitet të madh, si p.sh. F, O, N. Për rastin kur lidhja është plotësisht e karakterit jonik, atomi i Hidrogjenit humb elektronin i cili kalon në një atom tjetër të lidhjes, kurse protoni i vetmuar është përgjegjës për krijimin e lidhjes së Hidrogjenit. Dimenzionet e vogla të protonit bëjnë që ai të ketë vetëm dy atome fqinjë, pasi që këto atome do të vendosen aq afër protonit bëjnë që ai të ketë vetëm dy atome fqinjë, pasi që këto atome do vendosen aq afër protonit të Hidrogjenit nuk do të ketë mundësi të vendosjes së atomeve të tjera.

Lidhja hidrogjenore tek uji
Lidhja hidrogjenore tek ADN

Një pjesë më madhe e bashkëveprimit mes molekulave të ujit kryhet përmes lidhjes së Hidrogjenit, po ashtu kjo lidhje së bashku me bashkëveprimin elektrostatik tërheqës të dipoleve është përgjegjës për më shumë veti fizike të ujit dhe akullit (anomalia e ujit). Lidhja e Hidrogjenit ndikon që molekulat proteinike të mos kenë shpërndarje të rregullt gjeometrike, si dhe është shumë e rëndësishme në gjenetikën molekulare sepse lidhë dy vargje të DNA-së.