U lind në Sheper të Zagorisë, i biri i Harito Zakos, një tregtari duhani i cili punonte në Kavallë dhe Egjipt. Andon Zako, i njohur më vonë me emrin letrar Çajupi marrë nga emri i një mali në krahinën e Zagorisë, mori mësimet fillore në shkollën greke në Nivan të Zagorisë. Më 1882 u vendos në Aleksandri, ku studioj frëngjisht për pesë vjet ne liceun francez "Sainte Catherine des Lazaristes". Gjatë qëndrimit të tij në Aleksandri u takua me mjaft avokatë të huaj, që i dhanë bindjen të vazhdonte studimet për jurisprudencë, në Zvicër, ku Çajupi shkoi më 1887 dhe vazhdoi studimet për pesë vjet në këtë disiplinë. Atje takoi bashkëshorten e tij të ardhshme, Eugjeninë, me të cilën pati një djalë, Stefanin. Vdekja e Eugjenisë në vitin 1892, ishte për të qe humbje tragjike. [[Skeda:Patriotë të kolonisë shqiptare në Egjipt homazhe në varrin e Andon Zako Çajupit në Kajro.png|parapamje|249x249px|Patriotë të kolonisë shqiptare në Egjipt homazhe në varrin e Andon Zako Çajupit në Kajro në 21 vjetorin e vdekjes (11 korrik 1930-11 korrik 1951).Në këtë përkujtim veprimtari i shquar për çështjen kombëtare shqiptare,patrioti lushnjar Qerim Haxhiu mbajti një fjalim mbi jetën dhe veprën e Andon Zako Çajupit. U kthye në Egjipt ku iu përkushtua lëvizjes kombëtare, duke u bërë një ndër figurat qendrore të kolonisë shqiptare në atë vend. Në Kajro, ku u vendos për gjithnjë, punoi për një farë kohe si avokat. Karriera juridike mori fund për shkak të një gabimi strategjik që bëri duke mbrojtur një shoqëri franceze kundër interesave të princit të Egjiptit, më pas iu përkushtua letërsisë. Nga fundi i shek. XIX mori pjesë gjallërisht në lëvizjen patriotike shqiptare dhe mbajti krahun e saj më të përparuar. Në rrethet e gjera atdhetare u bë i njohur me një artikull që shkroi në kuadrin e diskutimit rreth çështjes së alfabetit, ku ishte kundër adoptimit të alfabetit grek në gjuhën shqipe. Më 1909 botoi shkrimin e njohur Klubi i Selanikut, një pamflet dërrmues kundër armiqëve të brendshëm të lëvizjes kombëtare shqiptare. Patriotizmi i flaktë dhe qëndrimi i prerë ndaj pushtuesve të huaj, e nxorën Çajupi në krye të patriotëve që vepronin në Egjipt. Më 1919 u zgjodh kryetar i shoqërisë "Vëllazëria" me qendër në Kajro. Qe frymëzuesi dhe njëri nga hartuesit e memorandumit që shqiptarët e Egjiptit, i dërguan Konferencës së Paqes më 1919, në mbrojtje të tërësisë territoriale t0.ë Shqipërisë. Më 1920 themeloi "Shoqërinë e Miqve", e cila në vitin 1928 e ngriti zërin kundër shpalljes së monarkisë nga Ahmet Zogu